საქართველოს ეკლესია სამოციქულოა. გადმოცემის მიხედვით, სულთმოფენობის შემდგომ, როცა მოციქულებმა წილი ჰყარეს და სხვადასხვა ქვეყნებში წავიდნენ საქადაგებლად, საქართველო ყოვლადწმიდა ღვთსმშობელს ერგო, მაგრამ, მაცხოვრის ქადაგებით, თავის ნაცვლად ივერიაში წასასვლელად წმიდა ანდრია პირველწოდებული(ხს.30 ნოემბერს) აკურთხა და თან თავისი ხატი გაატანა.

წმიდა ანდრიამ და წმიდა სვიმონ კანანელმა(ხს.10 მაისს) ქრისტეს სჯული იქადაგეს დიდაჭარაში, სამხრეთ საქართველოში, შემდგომ შავი ზღვის მთელ სანაპიროზე, სამხრეთიდან ჩრდილოეთისკენ. წმიდა სვიმონ კანანელი აფხაზეთში დარჩა და იქვე აღესრულა მოწამებრივად(დაკრძალულია ანაკოფიაში). სხვადასხვა დროს ქართლში ყოფილან მოციქულები: წმიდა მატათა(ხს.9 აგვისტოს), წმიდა ბართლომე(ხს.11 ივნისს),. მატათას წმიდა ნაწილები აჭარაში, გონიოში განისვენებს.

მე-4 საუკუნის დასაწყისში, სანამ აღმოსავლეთ საქართველოში ქრისტიანობა სახელმწიფო რელიგიად გამოცხადდებოდა, დასავლეთშ, კერძოდ ბიჭვინტაში, საეკლესიო იერარქია უკვე არსებობდა:პირველ მსოფლიო კრებას ესწრებოდა ბიჭვინთის ეპისკოპოსი.

მე-4 საუკუნის დასაწყისში, როცა რომში ქრისტიანობა სახელმწიფო რელიგიად გამოცხადდა, წმიდათა მოციქულთასწორთა მირიან და ნანას(ხს.1 ოქტომბერს) მეფობის ჟამს, საქართველოში ღვთის სიტყვის საქადაგებლად ჩამოვიდა წმიდა ნინო(ხს.14 იანვარს, 19 მაისს). შემდეგ მირიან მეფის თხოვნით, წმიდა კონსტანტინე დიდმა(ხს.21 მაისს) გამოგზავნა იოანე ეპისკოპოსი(325 წელს ნიკეის პირველმა საეკლესიო კრებამ იგი ანტიოქიის პატრიარქად აირჩია) ორი მღვდლითა და სამი დიაკვნით, რომელთაც ნათელსცეს ქართველებს. ასე ჩაეყარა საფუძველი საქართველოს ეკლესიას. იოანეს ანტიოქიის პატრიარქად არჩევამ განაპირობა ის ფაქტი, რომ კრებამ საქართველოს ეკლესიაც ანტიოქიის საპატრიარქოს მიათვალა.

წმიდა მეფის, ვახტანგ გორგასალის თაოსნობით 472 წელს ქართლის კათოლიკოსად დაადგინა წმიდა პეტრე(ხს.1 ოქტომბერს) და მთავარეპისკოპოსად სამოელი(ხს. 1 ოქტომბერს). მანვე დაადგინა 12 საეპისკოპოსო. „აქათგან იწყეს კათოლიკოსთა მთავრობად“, წერს „მოქცევაი ქართლისაის“ ავტორი. მაშასადამე, ვახტანგის დროიდან ქართლის ეკლესიას გააჩნდასაკუთარი საეკლესიო კრება, რომელიც უფლებამოსილი იყო თავისი შინაგანი საქმეები, ეპისკოპოსთა ხელდასმა-გადაყენება, თვითვე განეგო. ეკლესია დამოუკიდებელი გახდა.

იმპერატორ კონსტანტინე კოპრონიმისა და ანტიოქიის პატრიარქის თეოფილაქტეს დროს ანტიოქიაში ქართლიდან ჩავიდნენ ქართველი ღვთისმსახურები და პატრიარქს იბერიის ეკლესიის გასაჭირი მოახსენეს: სარკინოზთა შიშით ქართლსა და ანტიოქიას შორის მიმოსვლა შეწყვეტილი იყო, ამიტომ ანტიოქიის პატრიარქის, ანასტასის დროიდან ქართლის კათოლიკოსის კურთხევა აღარ ხდებოდა. ანტიოქიის ეკლესიის ადგილობრივმა კრებამ გადაწყვიტა, ქართლის ეკლესიისთვის მიეცა კათოლიკოსთა ხელდასმის უფლება, სამაგიეროდ ქართლის ეკლესიას ანტიოქიიდან უნდა მიეღო მირონი და მასში 1000 დრაჰკანი გადაეხადა. ამასთან ქართლის ეკლესიის წირვა-ლოცვაში პირველ ადგილზე უნდა მოეხსენიებინათ ანტიოქიის პატრიარქი.

ცოტა მოგვიანებით საქართველოს სამოციქულო ეკლესიამ ღირსი მამა ეფრემ მაწყევერელის(ხს.17 აპრილს) ღვაწლით მიიღო მირონის კურთხევის უფლება. „ეფრემ ქრისტეს მიერითა ბრძანებითა მიჰრონისა კურთხევა ქართლს განეწესა“,-წერს გიორგი მერჩულე „გრიგოლ ხანძთელის ცხოვრებაში“(მთავარეპისკოპოს ანანია ჯაფარიძის გამოკვლევებითა და ვარაუდით, ქართული ეკლესია მე-4 საუკუნეში ხარშავდა და აკურთხებდა მირონს მცხეთაში, ანტიოქიიდან კი მხოლოდ „წმიდა მირონის არომატი“ ნივთიერებები მოჰქონდათ.)

საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიასა და მოციქულებრივ ღირსებას სხვადასხვა დროს იცავდნენ ღვთივგაბრძნობილი ქართველი მამები. მე-11 საუკუნეში ანტიოქიის ეკლესიამ მწვავედ დააყენა მრავალჭირნახული იბერიის ეკლესიის დამოუკიდებლობის საკითხი. ათონის მთაზე მომხდარი დაპირისპირების შემდეგ სვიმონწმიდელმა მამებმა ანტიოქიის პატრიარქთან, თეოდისთან დაასმინეს ივერთა მონასტერში მოღვაწე ქართველი მამები:“არა უწყით, რაი არს სარწმუნოებაი მათი“. წმიდა გიორგი მთაწმინდელმა(ხს.27 ივნისს) არა მარტო დაამტკიცა საქართველოს ეკლესიის სამოციქულო პატივი, არამედ აჩვენა მისი უპირატესობა ანტიოქიის ეკლესიასთან შედარებით:“ერთი ღმერთი გცნობიეს, არღარა უარგყოფიეს და არცა ოდეს წვალებისა მიმართ მიდრეკილ არს ნათესავი ჩვენი...  შუენის ესრეთ, რაითა წოდებული იგი მწოდებელსა მას დაემორჩილოს, რამეთუ პეტრესი ჯერ არს, რამეთუ დაემორჩილოს მწოდებელსა თვისსა და ძმასა ანდრეას და რაითა თქუენ ჩუენ დაგუემორჩილნეთ“(ანტიოქიის ეკლესია წმიდა პეტრეს დაარსებულია).

საქართველოს ეკლესია მაჰმადიანურ სამყაროსთან ჭიდილში საუკუნეების მანზილზე მოძღვრავდა, ზრდიდა და სულიერად კვებავდა ქართველებს.

1783 წელს გიორგიევსკის ტრაქტატის მე-8 მუხლში ბუნდოვნად არის ახსნილი საქართველოს ავტოკეფალიური ეკლესიის უფლებრივი მდგომარეობა: ხოლო მართებისათვის საქართველოსა ეკლესიათასა და მიწე-მოწერათასა, თუ ვითარ სათანადო არს რუსეთისა სინოდისადმი, ამისთვის უკუე დაიწერების სხვუაი არტიკული“.

1801 წელს იმპერატორმა ალექსანდრე 1-მა ხელი მოაწერა მანიფესტს, რომლის მიხედვითაც საქართველოს მრავალსაუკუნოვანმა სახელმწიფოებრიობამ არსებობა შეწყვიტა და ოდესღაც დიდი ქვეყანა ორი გუბერნიის სახით შეუერთდა რუსეთის იმპერიას.

1801 წლის აქტის შემდეგ საქართველოს მთავარმმართებელი უხეშად ერეოდა საქართველოს ეკლესიის საქმიანობაში. მალე გაირკვა, რომ რუსეთის მთავრობას განზრახული ჰქონდა საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის გაუქმება და მისი რუსეთის სინოდისადმი დაქვემდებარება.

1811 წლის 10 ივლისს ალექსანდრე 1 სრულიად საქართველოს კათოლიკოს პატრიარქს, ანტონ-2 ს სწერს:“ საქართველოს სახელმწიფოს რუსეთის სახელმწიფოსთან შემოერთების შემდეგ საქართველოს ეკლესიაც უნდა გაერთიანებულიყო უწმიდესისა და უმართებულესის სინოდის  გამგეობაში.. ახალ მართვა-გამგეობასთან მოუ თავსებელი იქნებოდა საქართველოში კათოლიკოსის ყოფნა.,. გთხოვთ თქვენ საქართველოს ეკლესიის საქმეების გამგებლობისაგან, უწმიდესის სინოდის წევრობისა და კათოლიკოსის სახელის შენარჩუნებით“... ასე გაუქმდა საქართველოს ავტოკეფალია და ანტონ მე-2 რუსეთში გადაასახლეს. რაღაც ათიოდე წლის განმავლობაში საქართველომ მეფეც დაკარგა და მამამთავარიც. პოლიტიკურ თავისუფლებადაკარგულმა საქართველომ სულიერი დამოუკიდებლობაც დაკარგა.

დაიწყო მძიმე წლები ქართული ეკლესიის ისტორიაში. საქართველოს ეკლესიას რუსეთის სინოდი ხელმძღვანელობდა ეგზარქოსის მეშვეობით. 1811-1817 წლებში ამ მოვალეობას ასრულებდა ვარლამ ერისთავი. მის შემდეგ ყველა ეგზარქოსი რუსი იყო. ქართული ენისა და ტრადიციების, ქართველ წმიდათა და დღესასწაულთა არცოდნამ  გადაულახავი ბარიერი წარმოქმნა ქართველ მართლმადიდებელთა და ეკლესიის მესვეურთა შორის, ამას ემატებოდა ცალკეულ უღირს ეგზარქოსთა საქციელიც, ისინი ძარცვავდენენ მტერთა შემოსევებს გადარჩენილ ქართული ოქრომჭედლობისა და ტიხრული მინანქრის უიშვიათეს ნიმუშებს და რუსეთში გაჰქონდათ. მოიშალა საეკლესიო კათედრები. 24 ეპარქია, რომლის მღვდელმთავრები სამწყსოსთან ერთად იტანდნენ ყოველგვარ გაჭირვებასა და სიმძიმეს, სიცოცხლესაც კი სწირავდნენ სამშობლოსათვის, საეგზარქოსომ  5 ეპარქიამდე შეამცირა. ქართული წირვა-ლოცვა, მრავალხმიანი ქართული საგალობლები შეიცვალა რუსულით. სულ რაღაც ორიოდე წლის განმავლობაში საქართველოს ეკლესიამ დაკარგა ის, რასაც საუკუნეების მანძილზე რუდუნებით აშენებდა და აგროვებდა.

ყოველივე ამან მოსახლეობის აღშფოთება და გაბოროტება გამოიწვია. ამ პროცესს აჩქარებდა ეგზარქოსების აშკარად გამოხატული ანტიქართული საქმიანობა, მიუხედავად იმისა, რომ ღვთივსულიერი რუსი მამები აფრთხილებდნენ საქართველოს მოწინააღმდეგე ძალებს, პატივითა და კრძალვით მოპყრობოდნენ ღვთისმშობლის წილხვედრ ქვეყანას.

საქართველოში იმპერატორ ნიკოლოზ 1-ის ჩამოსვლის წინ ეგზარქოსმა ევგენიმ „სანიტარული წესრიგის“ საბაბით თეთრად შეალესინა სვეტიცხოვლის, ალავერდის, ერთაწმიდის უნიკალური ფრესკები. პავლე ლებედევმა, სემინარიის რექტორ ჩუდეცკისთან ერთად გაძარცვა ხახულის ღვთისმშობლის ხატი, მიიტაცა ოქროსა და ვერცხლის ხატები, საეკლესიო ნივთები. ეგზარქოსმა ჩუდეცკის მკვლელობის გამო სიონის ტაძრის ამბიონიდან დაწყევლა ქართველი ერი. დიმიტრი ყიფიანმა საჯაროდ ამხილა ეგზარქოსი და უთხრა, რომ უფლება არ ჰქონდა დარჩენილიყო იმ ერის სულიერ მამად, რომელიც ანათემაზე გადასცა. ამ მხილების გამო მხცოვანი მამულიშვილი ტამბოვში გადაასახლეს და განთავისუფლების წინა დღეს მოკლეს.

მე-20 საუკუნის დასაწყისში საქართველოს ეროვნულ-განმანთავისუფლებელი მოძრაობის მესვეურებმა ქართველ სამღვდელოებასთან ერთად დაიწყეს ზრუნვა საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენისათვის. ქართველი საზოგადოების მოწინავე ნაწილი წმიდა ილია მართლის(ჭაჭავაძე. ხს. 20 ივნისს) მეთაურობით მეფისნაცვალ ვორონცოვ-დაშკოვს ეახლა და ოფიციალურ დონეზე მოსთხოვა საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის საკითხის განხილვა. მეფის მთავრობამ დანიშნა სხდომა, სადაც მოხსენებით გამოვიდნენ ეპისკოპოსები:წმიდა კირიონი(ხს.27 იანვარს), ლეონიდე, პროფესორები:ალ. ცაგარელი, ალ. ხახანაშვილი, ნიკო მარი. კირიონის მოხსენების თემები იყო: 1)ქართული საეკლესიო საკითხი; 2)რა აიძულებს ქართველებს იმეცადინონ თავისი ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენაზე; 3) რომელ წელს მიენიჭა ივერიას ავტოკეფალია;4) ეროვნული პრინციპი ეკლესიაში. ქართველებმა დაასაბუთეს, რომ საქართველოს ავტოკეფალიის გაუქმება ეწინააღმდეგებოდა მსოფლიო ეკლესიის კრებების კანონებს.

სხდომაზე მდგომარეობა ისე დაიძაბა, რომ ნიკო მარმა პროტესტის ნიშნად სხდომა დატოვა.

1917 წლის 12(25) მარტს ქართველმა სამღვდელოებამ საგანგებო კრებაზე მიიღო შემდეგი შინაარსის დოკუმენტი: 1) ამიერიდან, 12 მარტიდან, გრძელდება საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალია; 2) დროებით, კათოლიკოსის არჩევამდე, ეკლესიის გამგედ დაინიშნა გურია-ოდიშის ეპისკოპოსი ლეონიდე;3)საქართველოს ეკლესიის მმართველობა ევალება აღმასრულებელ კომიტეტს, რომელშიც შედიან როგორც სასულიერო, ასევე საერო პირებიც.

იმავე წლის სექტემბერში ქართულმა ეკლესიამ 106 წლიანი იძულებითი შუალედის შემდეგ კვლავ აირჩია კათოლიკოს-პატრიარქი. ეს პატივი და ჯვარი წილად ხვდა ავტოკეფალიისთვის დაუცხრომელ მებრძოლს, წმიდა კირიონს, რომელიც შემდგომ ვერაგულად მოკლეს მარტყოფის მონასტერში.

ღვთის განგებით, საქრთველოს ეკლესიის ავტოკეფალია მსოფლიოს ყველა მართლმადიდებლურმა ეკლესიამ აღიარა, მაგრამ არ არსებობდა ამ აღიარების წერილობითი დასტური, რომლის უქონლობის გამოც ჩვენს წმიდა წინაპრებს ხშირად უხდებოდათ  ბრძოლა საქართველოს მრავალტანჯული ეკლესიის დამოუკიდებლობის დასამტკიცებლად.

ღვთის შეწევნითა და სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის, ილია მე-2 -ის დაუღალავი მოღვაწეობით მსოფლიოს საპატრიარქომ 1990 წელს ოფიციალურად ცნო და აღიარა საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალურობა. ამავე წლის 4 მარტს, მართლმადიდებლობის დღესასწაულის დღეს, კონსტანტინოპოლის მთავარეპისკოპოსმა და მსოფლიო პატრიარქმა ყოვლადუწმიდესმა დიმიტრიოსმა საზეიმო ვითარებაში გადასცა სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქს, ილია მე-2-ს საქართველოს უწმიდესი მართლმადიდებელი ეკლესიის ავტოკეფალიის ცნობისა და მტკიცების და საქართველოს უწმიდესი ეკლესიის მეთაურის საპატრიარქო  ტიტულის ცნობისა და ბოძების სიგელები.

ეს იყო უდიდესი გამარჯვება და სიხარული. ამ ამბავს გამოეხმაურა სრულიად საქართველო. როგორც უწმიდესმა და უნეტარესმა, საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქმა ილია მე-2-მ აღნიშნა, ეს იყო ქართული ეკლესიის დამოუკიდებლობის საზეიმო და საბოლოო აღიარება.